환경부가 이 사업을 추진하게 된 것은 국제적으로 생물다양성협약에 의해 생물자원에 대한 국가의 권리가 인정됨에 따라 세계 각국은 자국의 생물자원 보호와 관리를 강화하고 있으나, 우리나라의 경우 생물자원 중요성에 대한 인식이 낮아 고유생물의 해외유출 등 그동안 생물자원 관리가 소홀했기 때문입니다.

• 국내 생물은 10만종으로 추정하나 3만종만 기록되고, 이 중 약 10%가 한국산 고유종으로 추정되나 있으나, 이를 체계적으로 정리한 바가 없고, 한국 고유종에 대한 기준표본들의 보존실태 역시 파악이 미흡한 실정입니다.
• 한국 고유식물에서 유래된 미스킴라일락 품종은 미국 라일락 시장의 30%를 점유하고 있으며, 구상나무는 서구에서 크리스마스 나무로 인기를 끌고 있는 등 한국 고유종의 해외유출이 큰 문제점으로 제기되고 있습니다.

• 연구사업은 한국생물다양성협회에서 총괄하고 한국식물분류학회, 한국동물분류학회, 한국곤충학회, 한국어류학회, 한국조류(藻類)학회, 한국균학회 등 관련학회와 협의하여 해당 분류군의 전문성을 엄격히 심사하여 전문가를 엄선함으로써 연구결과의 정확성과 충실성을 도모하였습니다.
• 연구사업은 한국 고유종을 대상으로 동·식물을 총망라하는 대단위 작업이였기 때문에, 철저한 문헌적 고찰을 통하여 한국 고유종의 범주를 설정하며, 이들의 분류학적 실체는 분류군별 전문 연구자들의 분류학적 판단에 의하여 결정하였습니다.
• 고유종 목록을 관련 생물분류학회, 해당 전문가, 일반에게 자료를 공개하여 검토와 의견 수렴과정을 거치도록 하였으며, 실험분류학적 방법을 이용한 분류학적 연구는 본 연구사업의 내용에 포함시키지 않았습니다.
• 연구사업에서의 기타 고유종 범주는 다음과 같은 내용을 포함하고 있습니다.

우리나라에 밝혀진 생물종에서 한국 고유종을 구분하고 그 대상 생물종을 분류군별로 파악하여 제시하기 위해서, 1, 2차년도 사업을 통해 우리나라에 서식하는 생물종을 대상으로 한국 고유종을 구분하고, 분류군별로 파악하였습니다. 분류군 중에서 분류학적 연구가 미진하거나, 해당 분류 전문가가 부족하여 분류학적 판단이 어려운 분류군은 본 연구에 의한 한국 고유종 목록작성에서 일단 제외하였습니다.